בשנת 1982 מינה ראש הממשלה, מר מנחם בגין, את ד”ר ישראל כ”ץ (שסיים את תפקידו כשר העבודה והרווחה) לעמוד בראש צוות ראש הממשלה לתכנון השירותים החברתיים, אשר הוטל עליו להעמיד בפני הממשלה חלופות מדיניות, מידע ומחקר שלא היו קיימים קודם לכן. במהלך שנתיים התפתח “צוות ראש הממשלה” למרכז מחקר עצמאי – המרכז לחקר המדיניות החברתית בישראל – תחת הנהגתם וחזונם של ד”ר ישראל כ”ץ, מנהל המרכז, ופרופ’ יעקב קופ, מנהל המחקר.

המרכז קיבל החלטה שלא לקבל תקציב ממשלתי על מנת להבטיח את מעמדו העצמאי. בתחילה, מימון המרכז בא מארגון הג’וינט העולמי וממנהיגים מסורים אחרים. בשנת 1987 נטל על עצמו הג’וינט אחריות פיננסית מלאה על המרכז והחלטה זו היוותה ציון דרך בהבטחת מעמדו העצמאי של המרכז ובהמשכיותו.

בשנת 1991 פרש ישראל כ”ץ מתפקידו ויעקב קופ מונה למנהל. תחת כהונתו של הנרי טאוב כיו”ר חבר הנאמנים, פיתח יעקב קופ את המבנה של צוותי מחקר בתחומים השונים. מבנה זה של המרכז מתקיים גם עתה. הצוותים – המכונים עתה תכניות המדיניות – כוללים חוקרים בולטים בתחומם מהאקדמיה ומומחים מן השטח, המגויסים אד הוק. תכניות המדיניות מוסיפות לגישת המרכז הבינתחומית, המקיפה את ממד המומחיות התחומית.

בשנת 2003 הושגה עוד אבן דרך, כאשר ארגון הג’וינט החליט לצאת למסע גיוס תרומות להבטחת מימון המרכז לטווח הארוך. הקרן הצמיתה הוקמה על-ידי הנרי ומרילין טאוב, קרן הרברט ונל סינגר, ג’יין וג’ון קולמן, קרן משפחת קולקר-סקסון-הלוק, קרן מילטון ורוזלין וולף, וארגון הג’וינט. באותה תקופה שונה רשמית שם המרכז למרכז טאוב לחקר המדיניות החברתית בישראל, על-מנת להכיר בתמיכה ארוכת השנים של יו”ר חבר הנאמנים, הנרי טאוב. כמו כן עבר המרכז למשכנו החדש בשכונת רחביה היוקרתית בירושלים – מרחק נגיעה מבית הנשיא וממשכן ראש הממשלה.

בנובמבר 2008, עם פרישתו של פרופ’ יעקב קופ, מונה פרופ’ דן בן-דוד (דוקטור בכלכלה, אוניברסיטת שיקגו, תחומי התמחות: צמיחה כלכלית, גלובליזציה והכלכלה הישראלית) למנהל המרכז . באוקטובר 2009 הצטרף פרופ’ איל קמחי מהאוניברסיטה העברית (דוקטור בכלכלה, אוניברסיטת שיקגו, תחומי התמחות: כלכלת עבודה ואי-שוויון בהכנסה) למרכז כסגן המנהל. השינויים בהנהגת המרכז לוו בכיווני מחקר חדשים וכן בחידוש כמה מהיסודות הבסיסיים של התכניות.